L'origine de Saint juan des guerets viendrait de la coupe du blé. En effet, lors de la coupe du blé, il restait des tiges dans les champs d'ou le nom de " guerêts ". Pour st Jouan, ce serait une déformation de Saint Jean.

La population de l'époque est essentiellement agricole. L'origine du village remonterait au VIème siècle.
Saint Budoc, troisième évèque de dol de Bretagne, débarque tout nouveau-né dans l'anse de saint Juan avec sa mère Saint azeno, épouse du roi Irlandais Judual.
Ce dernier avait condamné sa femme au supplice de l'eau, c'est a dire qu'on l'avait mis dans un bateau sans voile et sans gouvernail. Ils devaient se laisser voguer au bon gré de la mer. Ils finirent par s'échouer dans l'anse de Saint Juan.

L'ancienne église du bourg serait située à 1900 mètres du bourg actuel, a la chapelle de la Lande.