En 1202, le comte Alain de Goëlo fonda l'abbaye à la suite d'un premier monastère édifié sur l'île voisine de Saint Rion. Batisée du nom emblématique de Beau Port, elle fut au Moyen-age l'un des Havre sur la route littoral de Compostelle, mais surtout un foyer de commerce et d'échanges maritimes.
Jusqu'à la révolution française, les chanoines prémontrés de Beauport ont construit, enrichi et magnifié un domaine abbatial idéal, d'une architecture à la fois élégante et fonctionnelle, ponctué d'un jardin à la française, de vergers de pommiers à cidre, de figuiers et de rosiers, et ceint de prés-salés et de digues pour s'abriter des riguers de la mer.
Acheté comme bien national en 1796 par trois familles, l'abbaye abrita successivement une salpétrière, des étables, la Mairie et l'école communale de Kérity.

L'Armateur paimpolais Louis Morand, initiateur de la pêche en Islande, y travailla et sa famille, qui y survecu longtemps, contribua à la réunification du domaine.

Classée Monument Historique dès 1862, l'abbaye de Beauport a été acquise par le conservatoire de l'espace littoral en 1992, étant alors dans un état de conservation critique. Suite à une expertise de l'architecte en chef, des priorités de restauration ont étés définies, afin de permettre d'une part la mise hors d'eau des bâtiments, d'autre part l'ouverture du monument au public tous les jours de l'année. Après une première décennie de travaux, les couvertures de deux corps de bâtiments ont étés sauvées ( celle de l'imposante maison dîte " au duc " et de l'aile du chapitre ou logeait les religieux ), restaurées à l'ancienne par des compagnons, tandis que les ailes ruinées ( église abbatiale et réfectoire ) ont été consolidées.
Par ailleurs, cinq années de fouilles archéologiques et d'études des façades ont permis de mieux comprendre les évolutions des batiments et leurs fonctions, notamment dans la salle au duc, initialement forge et atelier de bronzier.